明るく開けた環境を好むギンヤンマと比べ、クロスジギンヤンマは木陰のある閉鎖的な環境を好みます。春はやくから羽化し、池をパトロールする♂の姿が見られ、夏頃には成虫の姿が見られなくなります。♀はギンヤンマと違い、単独産卵します。